《本草衍义》提要序卷一序例上衍义总叙卷二序例中卷三序例下内容卷四玉泉丹砂空青绿青云母石钟乳朴硝芒硝硝石英硝矾石滑石紫石英白石英赤石脂白石脂石中黄子婆娑石无名异菩萨石卷五金屑银屑水银水银粉雄黄雌黄石硫黄
卷第一中风六郁癞寒伤寒暑注夏暑风湿内伤火伤风发斑疹温病疟咳嗽痰喘哮痢禁口痢泄泻脾泄霍乱干霍乱呕吐恶心翻胃伤食痞嗳气吞酸嘈杂五疸消渴泄泻水肿鼓胀自汗盗汗吃逆头风头痛头眩眩晕眉棱痛耳聋卷第二心痛腰痛胁痛腹
前言说明一、新生儿疾病新生儿不乳新生儿大便不通新生儿小便不通胎毒新生儿丹毒（赤游丹）新生儿黄疸（胎黄）脐部疾患（脐湿、脐疮、脐血、脐肿、脐突）二、急性传染病（时行疾病）感冒麻疹风疹幼儿急疹水痘流行性腮
医林琐语
孙序卷一三吴治验万历龙飞二年吴小峰小川目疾万历甲戌沈中丞案张孝廉后渠大头疫吴江孙行人痛风（有发明）郑都谏公子痘（有发明）张文学子心病虚弱（有发明）大宗伯董浔阳翁脾胃疾（有发明）董龙山夫人便血马厨疟痢并
自叙上卷原病温疫初起传变不常急证急攻表里分传热邪散漫内壅不汗下后脉浮下后脉复沉邪气复聚下后身反热下后脉反数因证数攻病愈结存下格注意逐邪勿拘结粪蓄血发黄邪在胸膈辨明伤寒时疫发斑战汗合论战汗自汗盗汗狂汗发
正文浮沉迟数滑涩人迎气口阳维阴维阳跷阴跷督任冲带附录运功规法南北规中引南旋式北旋式
序序八穴灸法头部二穴手部二穴背腹部二穴足部二穴梓桑君针道传宗图（缺）百穴法歌折量法补泻手法穴法图寅手太阴肺经卯手阳明大肠经辰足阳明胃经巳足太阴脾经午手少阴心经未手太阳小肠经申足太阳膀胱经酉足少阴肾经戌
钟序自序例论卷一诊脉歌望舌色望闻问切论表里虚实寒热辨内伤外感杂治说伤寒论治虚劳论治疫痢疟肿论治附列诸方卷二脏腑证治心部（手少阴属脏）肝部（足厥阴属脏）脾部（足太阴属脏）肺部（手太阴属脏）肾部（足少阴属
序序凡例卷一述原引种预防禁忌辨证卷二论治（上）卷三论治（下）卷四运气选案