《仁斋直指》序卷之一总论五脏所主论五脏病证虚实论诸阴诸阳论血营气卫论脉病逆顺论男女气血则一论问病论论《易简方论》附∶原脉论（出《保命集》）附论五篇（出《丹溪心法》）附∶十二经脉歌火湿分治论虚实分治论附
卷一 赋歌论诀秘旨保婴赋保生歌变蒸论察儿病症秘旨观形察色审病歌病源论（望闻问切）看食指定症诀（附）五指定症歌手探冷热定症诀视法视初生视周岁五视法面部察色秘旨探病秘旨推拿小儿总诀歌（附）观面部形色五脏秘
卷一明目赋（一）眼科论孙真人谕眼论阴阳相应辨论上古天真论眼科通明论轩辕黄帝说眼病目科四季五行发挥妙诀明目赋（二）太玄真人论眼病五轮所属太玄真人问眼病因论八廓所属八卦也论五轮受病之因论八廓受实热病之因论
金匮玉函要略方论序金匮要略序（出赵本．）金匮玉函要略综概卷一脏腑经络先后病脉证第一（论十三首、脉证三条）湿病脉证第二（论一首、脉证十二条、方十一首）百合狐惑阴阳毒病证治第三（论一首、证三条、方十二首）
简介序卷上人法于天地论第一阴阳大要调神论第二生成论第三阳厥论第四阴厥论第五阴阳否格论第六寒热论第七虚实大要论第八上下不宁论第九脉要论第十五色[一作绝]脉论第十一脉病外内证决论第十二生死要论第十三病有灾
脉诀阐微
脉诀考证
卷上勿药须知疗心法言林鉴堂安心诗养心说养肝说养脾说养肺说养肾说斋说食忌说食饮以宜居室安处论居处宜忌说寝室宜忌说卧时祝法睡诀孙真人卫生歌真西山卫生歌养神气铭孙真人养生铭谨疾箴导引却病法内养下手诀运气法固
序一序二卷一草部上人参黄术甘草山药薏苡仁何首乌百合菟丝子淫羊藿巴戟天肉苁蓉地黄天门冬麦门冬葳蕤牛膝续断五味子沙参芍药当归紫菀知母秦艽石斛延胡索细辛小茴香远志菖蒲肉豆蔻附子补骨脂益智子木香半夏卷二草部下
咽喉总论条目辨喉证附方咽喉七十二证考