序内消法一艾灸法二神火照法三刀针砭石法四围药法五开口除脓法六收口法七总论服药法八详论五善七恶救援法九将息法十外科症治方药发背脑疽鬓疽井口疽疔疮喉痹缠喉风缠舌喉风乳蛾舌衄悬痈（一）腮痈喉疮走马牙疳喉瘤茧
新雕百一选方序奉敕校正百一选方表《曝书亭集》所载《百一选方》跋百一选方序是斋百一选方序新刊续添是斋百一选方目录卷之一第一门（丹药）三神丹法太素丹白丹金液丹太上紫霞丹水金丹雄朱丹蜀仙丹资寿小金丹第二门（
贾序范序查序鲁序全书纪略卷之一入集 传忠录（上）明理（一）阴阳篇（二）六变辩（三）表证篇（四）里证篇（五）虚实篇（六）寒热篇（七）寒热真假篇（八）十问篇（九）论治篇（十）气味篇（十一）卷之二入集 传忠
卷一外治法手法总论手法释义器具总论经义击仆损伤应刺诸穴经义恶血已留复因怒伤肝经义击仆伤后入房伤脾经义击仆损伤脉色经义《灵枢经》骨度尺寸补遗卷二头面部巅顶骨囟骨山角骨凌云骨睛明骨两颧骨鼻梁骨中血堂唇口玉
导言五菜药解韭菜葱薤（蒜苗）葵藿五谷药解粳米小麦大豆黍米(又称糯小米、黄米)芝麻(又名胡麻、脂麻)五果药解杏李桃栗枣五畜药解猪肉牛肉羊肉鸡肉狗肉
序卷一风温温疫卷二暑温伏暑温毒湿温冬温卷三中风少阳螈肝风肝厥胁痛肝痈癫狂虚劳吐血便血肿胀单腹胀滞下（俗名痢疾，又曰积。红色属热，属血，白色属寒、属气。）积聚淋浊泄泻卷四痘症噎呕吐反胃哕失音水气寒湿痹风
卷上太阳方总论卷下阳明方总论少阳方总论太阴方总论少阴方总论厥阴方总论六经方余论
弁言杨序总评卷上卷下书《人身图说》后书《医林改错》后书《医林改错》后读《全体新论》
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自序卷上石膏滑石芒硝甘草黄人参桔梗术白头翁卷中黄连黄芩柴胡贝母细辛当归芎芍药牡丹皮茵陈蒿艾麻黄地黄葶苈大黄大戟甘遂附子半夏芫花五味子栝蒌实葛根防己卷下香豉泽泻薏苡仁薤白干姜杏仁大枣橘皮吴茱萸瓜蒂桂枝浓