序卷之一头目卷之二耳鼻舌卷之三口面项喉卷之四心神卷之五胸腹卷之六身卷之七背手足卷之八溺孔肛门
序一序二卷一运气（上）太极图论阴阳体象五行生成数解五行统论每日气数百刻六千分解四季日躔宿度昼夜长短刻数二十四气七十二候斗纲解十二辰次六合解二十八宿过宫歌二十八宿说中星岁差考奎壁角轸天地之门户说气数统论
金匮方歌括
《神农本草经》简介邵序张序孙序周序上经（上品）玉石丹沙云母玉泉石钟乳涅石消石朴消滑石石胆空青曾青禹余粮太乙余粮白石英紫石英青石、赤石、黄石、白石、黑石脂等白青扁青草菖蒲鞠华人参天门冬甘草干地黄术菟丝子
年序曹序胡序张序姚序目论目议外障外障治法内障内障治法小儿痘毒眼治法小儿疳积眼治法治小儿雀目法附刻薛氏选方
总论调理精血论直指真源论男女服药论交会宜忌日诊妇人有妊歌妊娠杂病并产生死二歌余不能尽录也调元调经安胎便产转女为男法附方集验方广嗣附方附论一篇论童壮论衰老
序一序二序三凡例卷之一万金一统述药性歌诸病主药释形体周身脏腑形状人身面背手足之图（缺）十二经脉歌手太阴肺经脉歌∶手阳明大肠经脉歌∶足阳明胃经脉歌∶足太阴脾经脉歌∶手少阴心经脉歌∶手太阳小肠经脉歌∶足太
本草纲目别名录
鍼灸甲乙经
卫济宝书