序一序二序三卷之一初诞第一问护养法第二问噤风撮口脐风第三问脉法第四问（无方）变蒸第五问五脏所主第六问（无方）五脏病证第七问（无方）肝脏第八问心脏第九问脾脏第十问卷之二肺脏第十一问肾脏第十二问面上证气色
一、中风门二、风痹门三、心腹痛门四、霍乱门五、呕吐门六、气门七、痰饮门八、痨瘵门九、胁痛门十、腰痛门十一、香港脚门十二、积聚门十三、脾胃门十四、补益门（一）导引行气法（二）虾蟆行气法（三）入火法（四）
修订说明写在卷首诊脉传心诀诸脉主病诊脉总要诊脉六法三部总看歌发言须当理引经药用药传心赋治病主药诀四君汤加减歌四物汤加减歌二陈汤加减歌小柴胡汤加减歌平胃散加减歌病因赋百病皆生于六气诸症莫逃乎四因伤寒症传
自序序发凡卷一保胎论广嗣论男女辨随孕随产论坠胎论小产失调枉死论胎教胎前饮食成胎造化章孕脉论孕后便览卷二保产辑要总论难产七因酷暑严冬节录临产达生要言临产调护法产后救护法三字宝临盆七候产后便览产后忌食诸物
卷上卷下
钟序自序例论卷一诊脉歌望舌色望闻问切论表里虚实寒热辨内伤外感杂治说伤寒论治虚劳论治疫痢疟肿论治附列诸方卷二脏腑证治心部（手少阴属脏）肝部（足厥阴属脏）脾部（足太阴属脏）肺部（手太阴属脏）肾部（足少阴属
石山医案
卷一序论卷二卷三卷四黄父一疽论相痈疽知是非可灸法相痈知有脓可破法卷五
自叙卷一草部苍术黄精益智仁草豆蔻缩砂仁补骨脂肉豆蔻胡芦巴白豆蔻红豆蔻大茴香香附荜拨藿香香薷荜澄茄使君子威灵仙白附子慈菰牵牛子何首乌肉苁蓉锁阳丹参泽兰益母草刘寄奴延胡索胭脂（艹/閶）茹姜黄地榆三七蒲黄续
卷之一周身经穴赋十二经脉歌十二经本一脉歌经穴起止歌十五脉络歌经脉气血多少歌禁针穴歌禁灸穴歌血忌歌逐日人神歌九宫尻神歌太乙人神歌孙思邈先生针十三鬼穴歌长桑君天星秘诀歌马丹阳天星十二穴并治杂病歌四总穴歌千