序上卷背痈论肺痈论无名肿毒论对口疮论脑疽论囊痈论臂痈论乳痈论肚痈论恶疽论疔疮论唇疔论鬓疽论下卷杨梅疮论腰疽论瘰论顽疮论脚疽论痔漏论大肠痈论小肠痈论
序一序二序三序四伤寒十六证类方自叙伤寒证六经提纲太阳经提纲太阳经坏病提纲太阳经坏病结胸痞证提纲阳明经提纲阳明经虚证提纲少阳经提纲少阳经坏病提纲少阳经坏病结胸痞证提纲太阴经提纲少阴经提纲厥阴经提纲伤寒十
简介细目序凡例卷一卷二卷三卷四跋
简介噎隔门翻胃门气症门伤风门伤寒门中寒门中风门伤暑门伤湿门黄疸门火 门心痛门面肿门头痛门头晕门耳病门目疾门鼻病门咽喉门牙齿门胁痛门背痛门脾胃门腹痛门腰痛门疝气门脚气门女科门幼科门痘科门外科附录外科补遗
凡例卷首前贤医案五脏所司兼五行所属（图缺）动功六字延寿诀太极阴阳动静致病例五轮定位之图八廓定位之图（图缺）五轮歌括五脏主病八廓歌括八廓主病脏腑表里三阴三阳轮廓贯通五运之图六气之图逐年六气总论卷一五轮所
简介序新校正补注内经素问表凡例内篇 卷之一内篇 卷之二内篇 卷之三外篇 卷之四外篇 卷之五外篇 卷之六外篇 卷之七外篇 卷之八外篇 卷之九
神农本草经赞
房中补益
第1部分第2部分第3部分
叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一